Bewährt hat sich die Zusammenarbeit in so genannten regionalen Arbeitsgemeinschaften (AG). Sie ermöglichen es, sich trotz der diakonischen Vielfalt auf Augenhöhe und in Offenheit miteinander auszutauschen. Dort werden regional relevante Themen besprochen, so dass sie koordiniert nach außen vertreten werden. Gleichzeitig sind die AGs wichtige Impulsgeber für die Weiterentwicklung des Landesverband.
Im Kirchengebiet von Kurhessen-Waldeck haben sich diakonische Einrichtungen und Träger bereits in regionalen "Arbeitsgemeinschaften Diakonischer Dienste" (AG DD) organisiert. In diesen Gruppen verständigen sich die diakonisch Tätigen in der jeweiligen Region über gemeinsame Grundlagen und Ziele, tauschen sich über gemeinsame Probleme aus und benennen ihre Standpunkte gegenüber Kommunen und Landkreis. Diese Zusammenarbeit wird von einem Ansprechpartner der Diakonie Hessen begleitet.
Mitte 2022 hat die Diakonie Hessen auf dem Gebiet der Evangelischen Kirche in Hessen und Nassau ebenfalls eine Stelle für die Zusammenarbeit von Kirche und Diakonie vor Ort eingerichtet. Damit möchte der Landesverband die diakonische Arbeit in Hessen und Nassau stärken und die Möglichkeit bieten, Arbeitsgemeinschaften auf regionaler Ebene (Landkreisebene und kreisfreie Städte) zu bilden oder vorhandene Strukturen weiterzuentwickeln. Für die Neugestaltung der Zusammenarbeit in regionalen Arbeitsgemeinschaften wurde eine Muster-Rahmenordnung unter Einbeziehung diakonischer und kirchlicher Gremien entwickelt.